Le directeur est nommé par décret du Président de la République, pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après appel de candidatures. Le ministre chargé de l'enseignement supérieur demande à une commission, composée de 20 membres nommés par lui-même, un avis motivé sur trois candidatures qu'il a au préalable retenues.
Le directeur est choisi parmi les professeurs d'université ou les personnels appartenant à des catégories assimilées en application de l'article 5 du décret n° 87-31 du 20 janvier 1987, relatif au Conseil national des universités.
Il est nommé pour une durée de cinq ans, immédiatement renouvelable une fois.
Voir le décret n°87-695 du 26 août 1987